El nombre "Yapacaní" proviene de un ave de la lengua yuracaré, el "ishsheté", que significa "Yacamí" en español, y que habitaba las orillas del río Yapacaní.

Se ubica en el medio de la reserva forestal de El Choré y el Parque Nacional Amboró, con fuertes caídas de agua, rico en flora y fauna, que convierten a Yapacaní en un lugar paradisiaco, lleno de esperanza y futuro.

En el año 1933, el coronel Germán Busch organizó un campamento de entrenamiento militar de soldados para la Guerra del Chaco en Puerto Grether, llamado así en honor a Hans Grether, asesor de guerra de este militar.

En el año 1937 se realizó la primera ocupación de tierras en Yapacaní bajo el denominativo de “colonización”. Esta ocupación se dio con inmigrantes de los valles, del Altiplano, del oriente boliviano y algunas familias de origen judío y portugués, que organizaron la denominada “Colonia Villa Busch”.

En 1939 llegaron hasta 200 familias, que en ese entonces recibieron tierras de 50 hectáreas, con una hectárea de tierra desmontada, una casa rústica, un año de alimentación y herramientas agrícolas.

El segundo periodo de ocupación planificada se inicia en 1958 con la llegada de un contingente militar y el Instituto Nacional de Colonización para la llamada “recolonización”. En 1961 llegan 150 familias y en 1962 aumenta esta cantidad a 170 familias. A diferencia de la anterior incursión, son civiles voluntarios que desean ocupar tierras y trabajar. En este periodo, a Yapacaní también se la denomina “Comando” por el destacamento militar asentado.

Se considera como fecha festiva municipal el 1.º de Mayo, puesta por los inmigrantes del municipio, ya que su origen era campesino y obrero.

La fundación formal de la ciudad como Villa Yapacaní se considera el 23 de agosto de 1953. Antes de la fundación de la ciudad, el área era habitada por comunidades indígenas y luego se estableció un puesto militar.

Tiene como principal actividad la agricultura, la ganadería, la pesca y la explotación forestal.

En la agricultura, los cultivos más comunes son el arroz, soya, maíz, yuca, fréjol, plátano y piña. Sus pobladores obtienen ingresos por la venta local de leche, huevos, miel de abejas, carne y yuca. El arroz es trasladado a la localidad de Yapacaní para su venta a los ingenios arroceros y centros comerciales en la ciudad de Santa Cruz de la Sierra y Cochabamba.

La comercialización de madera y el trabajo asalariado en fábricas de productos metálicos y maquinarias, ladrilleras, carpinterías e ingenios arroceros son otras actividades que generan ingresos a sus habitantes.