El municipio tiene como principal actividad la agricultura, la ganadería, la pesca y la explotación forestal.

En la agricultura, los cultivos más comunes son el arroz, soya, maíz, yuca, fréjol, plátano y piña. Sus pobladores obtienen ingresos por la venta local de leche, huevos, miel de abejas, carne y yuca. El arroz es trasladado a la localidad de Yapacaní para su venta a los ingenios arroceros y centros comerciales en la ciudad de Santa Cruz de la Sierra y Cochabamba.

La comercialización de madera y el trabajo asalariado en fábricas de productos metálicos y maquinarias, ladrilleras, carpinterías, ingenios arroceros, son otras actividades que generan ingresos a sus habitantes.

En el área del turismo, Yapacaní tiene en su jurisdicción el sector norte del parque nacional Amboró, que abarca una gran parte de su territorio, conformado por la Reserva Forestal de Aprovechamiento Permanente El Choré