Es considerado el primer asentamiento misional que establecieron los padres jesuitas en la región chiquitana. Esta misión se inició con la reducción de los indígenas de la tribu de los Piñocas, el año 1691 a cargo de los misioneros jesuitas P. José Francisco de Arce y el Hno. Antonio de Rivas, quienes encontraron a estos lugareños siendo víctimas de una peste. Con la erección de un modesto templo, el cual se concluyó el 31 de diciembre de 1691, se dio por iniciada la magna labor misionera, en la vasta región de Chiquitos, para lo cual se utilizó como “base central” a esta misión. Desde ella se irían fundando los siguientes pueblos, y allí tuvo su residencia el superior de la misión hasta la expulsión de los jesuitas.

Se creó la sección municipal según la Ley de Fecha 16 de septiembre de 1915.

Este municipio posee un potencial ganadero y lechero, beneficiado por grandes extensiones de tierras aptas para este rubro; por lo cual es denominado como la "capital lechera de Santa Cruz". Sus derivados permiten la producción de queso, horneados y dulces, con una aceptación tanto local como nacional. La Planta Elaboradora de Queso(PEQ) procesa más de 5.000 litros de leche diariamente para obtener queso, yogurt y mantequilla, con la mejor leche que da el ganado que se alimenta en las verdes praderas de San Javier. Es la cuenca lechera más importante del departamento, además de ser la primera fábrica del país que industrializa el queso criollo y fundido para untar.

También la agricultura es otro rubro importante en su economía, con cultivos del trigo, maíz, plátano y yuca. Además de la artesanía que es un aporte al desarrollo y un atractivo más para los visitantes. Se fabrican hamacas, tejidos en hilo, trabajos en chala de maíz, trabajos en jatata, como sombreros, bolsas, canastas y otros.

Al ser la primera población fundada por los misioneros de la orden de la Compañía de Jesús, se hace más atractiva para los visitantes y se convierte en potencial económico para el desarrollo regional. Con la declaratoria de Patrimonio Cultural de la Humanidad por la UNESCO y Monumento Nacional ha incrementado el turismo de la zona. Sus atractivos son de orden religioso, cultural, histórico, naturales y científicos.

Su clima es cálido y tiene una temperatura media anual de 23ºC

Está ubicado a 230 km de la ciudad de Santa Cruz de la Sierra, sobre una loma en la Serranía de San Pablo.

16.027 habitantes (Proyección de población del año 2020. Fuente Instituto Nacional de Estadística, Revisión 2014)