Formaba parte del municipio de San Carlos, y su creación como municipio independiente se gestionó durante varios años por iniciativa de los habitantes locales, liderados por Jorge Tórrez Cerezo.

Su historia se remonta a la década de 1950, cuando un grupo de inmigrantes japoneses provenientes de la Colonia Nishikawa, liderados por Toshimichi Nishikawa, se asentaron en la zona y comenzaron a cultivar arroz, soya, cítricos y nueces de macadamia, aprovechando las fértiles tierras de la región. Este grupo de inmigrantes, junto con la posterior llegada de otros pobladores, sentó las bases para el desarrollo agrícola de la zona.

La colonia se formalizó con la firma del Acuerdo de Inmigración entre Japón y Bolivia en 1956, y a partir de entonces, más inmigrantes japoneses se unieron a la comunidad.

Es eminentemente agrícola. Su producción inicial estaba sometida al sistema de corte y quema, y se cultivaban arroz de secano, maíz, yuca, camote y leguminosas. A partir del año 1966 se habilitan las tierras para el cultivo con maquinarias y se desarrolla principalmente la producción de una variedad de soya.

Actualmente, se ha convertido en un gran centro de producción agrícola; también tiene ganadería, avicultura e industria agropecuaria y actividad forestal. Sus pobladores son en su mayoría descendientes de japoneses. Este municipio cuenta con un instituto de capacitación agropecuaria.

La cría de gallinas, como fuente de energía y proteína, fue desarrollándose y en 1961 se estableció el comité de criadores de gallinas. En los años 70, la colonia llega a poseer el 30 % de la población de gallinas de Bolivia.

Posee extensas áreas destinadas a la producción agropecuaria, puesto que su clima es el ideal para diversos cultivos. Cuenta con productores agropecuarios experimentados en productos tradicionales (arroz, maíz, yuca) y no tradicionales (leche, miel, plátano, maracuyá). Sin embargo, se carece de una red caminera con las diferentes poblaciones alejadas para facilitar la comercialización de los productos.

La Cooperativa Agropecuario Integral San Juan de Yapacaní (CAISY Ltda.) se fundó en 1957 y ha sido fundamental en la organización de la producción agrícola, incluyendo la producción de huevos y arroz.