Tradicionalmente, su economía se basa en la agricultura y la ganadería; sus campos poseen excelentes cosechas y sus pobladores han incursionado en la industrialización de derivados de la carne porcina.

Se siembra maíz en verano y papa en invierno. También se cultivan fréjol, poroto, tabaco, caña, maní, locoto, arvejas, trigo, zanahoria, naranja, durazno y uva. Cerca del 80% de la producción agrícola es vendida, lo que genera ingresos económicos significantes y asegura el próximo ciclo de producción.

Samaipata se ha convertido en un importante centro turístico a nivel nacional, tanto por su clima subtropical templado como también por sus principales atractivos turísticos, como lo son el Parque Nacional Amboró y el Fuerte de Samaipata, que es Patrimonio de la Humanidad desde 1998.

Es un lugar de encuentro para las culturas, en donde se desarrollan importantes eventos como la Ceremonia del Lucero Guaraní del Amanecer, realizada por la cultura guaraní y chané, y los rituales de los solsticios de invierno y verano llevados a cabo por los quechuas. El escritor Erich von Däniken visitó este lugar en los años 70 y lo describió como una lanzadera de naves espaciales.

Muchas son las leyendas en la zona sobre desapariciones de personas, apariciones fantasmales, fenómenos ovni e incluso se habla del ruido de tropa a caballo que llega hasta el fuerte y desaparece sin rastro.

Además, ofrece una excelente infraestructura hotelera y restaurantes, brindando al visitante todas las comodidades y servicios de primera calidad.

Cuenta con la Serranía Volcanes, una cordillera montañosa de origen volcánico con caídas de agua y pozos de agua naturales, "La Pajcha", una caída de agua de aproximadamente 20 m de altura.