Después de la independencia de Bolivia en 1825, el primer hombre en navegar y explorar la zona fue Miguel Suárez Arana, fundador de Puerto Suárez en el año 1875 y de Puerto Pacheco en 1885.

Una vez construido el muelle sobre la Laguna Cáceres, en Puerto Suárez, las primeras embarcaciones fueron llegando al lugar, transportando mercadería desde los puertos internacionales de Europa y Norte América. Así fue como el año 1900, el capitán inglés Henry Bolland alquiló la embarcación del comerciante Elías El Hage, con el cual explora las corrientes del Río Paraguay y los márgenes de la Laguna Cáceres; fundando el 21 de noviembre del mismo año un puerto, al que nombra Quijarro, en honor a Antonio Quijarro, quién había pagado los gastos de dicha exploración.

Es la segunda sección municipal de la Provincia Germán Busch, es un punto fronterizo próximo a la ciudad de Puerto Suárez y a 4.5 km de Brasil, país con el que mantiene una intensa actividad comercial.

Por el municipio pasa el río Paraguay, que constituye un corredor de exportación y es aprovechado para la pesca. En Puerto Quijarro se encuentra el Canal Tamengo, utilizado para la exportación de soya a Brasil.

En recursos naturales presenta bosques ricos en especies forestales, reservas de hierro en el Mutún y la reserva forestal Carmen Rivera Torres.

La mayoría de la población se dedica al comercio con Brasil, que genera una parte significativa de los ingresos de las familias. El Municipio es una zona de tránsito, los centros comerciales ofrecen toda clase de artículos. Puerto Quijarro cuenta con una zona franca, en la que se comercializan electrodomésticos, alimentos, vestimenta, maquinaria y equipos.

La producción de hortalizas y frutas se vende en Brasil. El turismo ha tenido un crecimiento significativo los últimos años, atraído por la publicidad y la presencia del hotel El Pantanal, actividad que deja buenos ingresos a la población. La migración es generalizada, conviven cambas, collas y chapacos, sólo el 10% de la población es nativa.

Una de las ventajas del Municipio es su ubicación geográfica y la presencia del puerto y la terminal granelera. El río Paraguay permite el acceso al Océano Atlántico, por lo tanto, el Municipio forma parte del corredor bioceánico. Cuenta además con recursos forestales y minerales. El Canal Tamengo es otra fortaleza para la exportación. En la zona también se encuentran la fábrica de cemento Camba y la empresa comercializadora de granos Gravetal.

La población originaria es chiriguana; el idioma más utilizado es el castellano, pero también se habla portugués.

Su música es variada e influenciada por Brasil. Como atractivo turístico cuenta con la zona de El Pantanal, que tiene un hotel de cinco estrellas del mismo nombre.